EDI (Electronic Data Interchange) is nog altijd een van de meestgebruikte middelen waarmee bedrijven gegevens elektronisch uitwisselen. EDI vertegenwoordigt ongeveer 75% van alle elektronische transacties tussen bedrijven. Voor het gebruik van EDI zijn berichtsyntaxis en -standaarden (waaronder ANSI X12 en UN/EDIFACT), berichtprotocollen en transporten nodig. In BizTalk Server2009 wordt AS2 (Applicability Statement 2) ondersteund zodat EDI via internet (EDIINT) eenvoudiger als alternatief voor VAN's (Value-Added Network) kan worden geboden. Als internet voor gegevensuitwisseling via point-to-point-verbindingen wordt gebruikt in plaats van VAN's via tussenliggende verbindingen, worden kosten verlaagd en de flexibiliteit en efficiëntie verbeterd. Bovendien biedt dit voordelen op het gebied van redundantie en schaalbaarheid. AS2 is een specificatie waarmee bedrijfsgegevens op een vertrouwelijke, veilige en betrouwbare manier kunnen worden verzonden via internet. In BizTalk Server 2009 worden met AS2 gedefinieerde methoden gebruikt om berichten tussen partners te verzenden, ontvangen, coderen, decoderen, ondertekenen en controleren met behulp van HTTP via internet. BizTalk Server helpt de veiligheid van berichten te garanderen door het gebruik van coderingssleutels, digitale handtekeningen, certificaten en beveiliging.
EDI-verwerking
De EDI-mogelijkheden zijn volledig herschreven in BizTalk Server 2009. De beheerconsole van BizTalk Server bevat een nieuwe EDI-sectie voor het beheren van de handelspartnerconfiguratie en het rapporteren en controleren van EDI-berichtactiviteiten. De EDI-parser/-serializer gebruikt de bestaande BizTalk-pipelinearchitectuur en ondersteunt zowel EDI- als AS2-transacties.
Niet alleen inkomende batches, maar ook uitgaande batches worden ondersteund. Batches kunnen verschillende transactiesets bevatten en worden op de juiste manier verwerkt zolang de bijbehorende schema's zijn geïmplementeerd. Batches kunnen worden gestart op basis van een schema, het aantal ontvangen berichten of een bepaald soort externe trigger (bijvoorbeeld de inhoud van een bericht).
BizTalk EDI en AS2 bieden onder andere de volgende verwerkingsmogelijkheden voor:
 De EDI-uitwisseling wordt ingelezen, waarbij transactiebatches worden verwerkt indien dit is geconfigureerd.  HIPAA-documenten worden gesplitst.  Het bericht wordt gevalideerd.  Een of meer kennisgevingen worden gegenereerd.  Met EDIINT/AS2 gecodeerde berichten worden ontvangen via een HTTP-/HTTPS-transport.  De uitwisseling wordt opnieuw samengesteld als de batch behouden moet blijven.
BizTalk EDI en AS2 bieden onder andere de volgende verwerkingsmogelijkheden voor:
 De EDI-uitwisseling wordt geserialiseerd, waarbij transactiesets batchgewijs worden verwerkt indien dit is geconfigureerd.  Het te verzenden bericht wordt gevalideerd. Met EDIINT/AS2 gecodeerde berichten worden verzonden via een HTTP-/HTTPS-transport.  Een of meer ontvangen kennisgevingen voor het bericht worden verwerkt.
Overige functionaliteit
 Bieden de mogelijkheid om verwerkingsproperty's in te stellen voor partijen die betrokken zijn bij de uitwisseling van EDI-documenten en het transport van AS2-documenten.  Bieden een uitgebreide status van transacties voor de uitwisseling van EDI-documenten via een lijst met EDI-uitwisselingen en de bijbehorende kennisgevingen.  Bieden de mogelijkheid om schema's te valideren, instanties te valideren en instanties te genereren tijdens de ontwerpfase. | 
Native ondersteuning voor EDI- en AS2-protocol. BizTalk Server biedt opties voor gegevensuitwisseling, waaronder een native engine die geïntegreerde ondersteuning voor EDI-gegevens (Electronic Data Interchange, waaronder X12 en EDIFACT, en HIPAA-ondersteuning) en AS2-gegevens (Applicability Statement 2) data voor EDI via internet biedt. 
Trading Partner Management. BizTalk Server biedt een algemene opslagdatabase waarmee alle gegevens over handelspartners worden opgeslagen en beheerd. Deze gegevens worden onderhouden met de beheerconsole van BizTalk Server, via de TPM-webservices (TPMgmtWS, TPMPubWS).
Accelerators van BizTalk Server. Via accelerators wordt BizTalk Server geïntegreerd met allerlei verschillende bedrijfsscenario's en branches. Accelerators bevatten specifieke BizTalk Server-componenten, voorbeelden en handleidingen waarmee de tijd, inspanningen en kosten voor het ontwikkelen van een branchespecifieke oplossing kunnen worden verminderd. 
Criteria voor bedrijfsprocessen wijzigen. Stel dat drie verschillende expediteurs orders verzenden, afhankelijk van de orderbestemming en het totale orderbedrag. U kunt deze drie expediteurs integreren in een orkestratie met behulp van rolkoppelingen en de orkestratie zodanig configureren dat de juiste expediteurconfiguratie op een dynamische manier wordt geselecteerd op basis van de ordercriteria. Als u wilt wijzigen volgens welke criteria een specifieke expediteur moet worden gebruikt of een vierde expediteur moet worden toegevoegd via een bedrijfsproces, kunt u de TPM-functionaliteit (Trading Partner Management) van BizTalk gebruiken zonder het bestaande bedrijfsproces te wijzigen. 
Nieuwe partners toevoegen. Stel dat een cosmeticabedrijf honderden handelspartners heeft die de benodigde ingrediënten voor de producten leveren. Als een informatiewerker een nieuwe leverancier wil toevoegen, kan hij eenvoudig de benodigde gegevens invoeren en de overeenkomsten en regels voor interacties met de leverancier opgeven. U kunt dergelijke wijzigingen aanbrengen op een centrale locatie en hoeft de regels dus niet hard te coderen in de bedrijfsprocessen.
Leningen aan studenten verwerken. Stel dat een bedrijf leningen aan studenten verwerkt voor duizenden universiteiten die de services van dit bedrijf gebruiken. Elke universiteit is anders en heeft andere regels voor interacties met het bedrijf dat leningen aan studenten verwerkt. In deze situatie kunt u met TPM handelspartners configureren en onderhouden.
BizTalk-accelerator voor HL7 
BizTalk-accelerator voor SWIFT 
BizTalk-accelerator voor RosettaNet 
